对于非细菌性前列腺炎(由细菌之外的其他致病微生物所致)的治疗，我们自然不能采用抗生素疗法。
对于真菌(霉菌)性前列腺炎，药物fluconazole(diflucan)冲击疗法 (一次性大剂量给药)非常有效。
病毒感染的诊断相对比较困难，其治疗目的也主要集中在缓解疼痛和排尿困难这两个方面，要想根除感染只能依靠机体自身的免疫机制，但是许多患者的免疫功能往往不能有效地控制感染。
因此，许多慢性前列腺炎患者常常求助于其他一些治疗方法，如草药疗法以及顺势治疗方法等。但是，这类治疗方法一般不可能像人们所宣传的那样有效，而且这类药物的效能和纯度也不可靠，许多药物还可能会产生一些不良效应。
对于某些患者来说，这类药物可能会起到安慰剂的作用，而有些患者根本不会向医生透露自己的服药行为，直至最后出现各种各样的毒副作用。
